המנהל הכללי ממונה על הניהול השוטף של המוסד. תפקידו הוא להגדיר את אופן הפעילות של המנהלים תחתיו והעובדים, להיות אחראי על נכסיו של המוסד, לקבוע אסטרטגיה להצלחתו השיווקית ועוד ועוד.
מר ברוך מרזן – מנכ"ל אוניברסיטת חיפה – יו"ר פורום המנכ"לים
פרופ׳ בועז גולני – מנכ"ל הטכניון
מר דוד ברקת – מנכ"ל אוניברסיטת בן גוריון
פרופ' אלון הרמלין – סגן נשיא למינהל וכספים – מכון וייצמן
זהר ינון – מנכ"ל אוניברסיטת בר אילן
מר גד פרנק – מנכ"ל אוניברסיטת תל אביב
מר עמית שטרייט – מנכ"ל האוניברסיטה הפתוחה
מר ישי פרנקל – מנכ"ל האוניברסיטה העברית