המנהל הכללי ממונה על הניהול השוטף של המוסד. תפקידו הוא להגדיר את אופן הפעילות של המנהלים תחתיו והעובדים, להיות אחראי על נכסיו של המוסד, לקבוע אסטרטגיה להצלחתו השיווקית ועוד ועוד.
מר זהר ינון – מנכ"ל אוניברסיטת בר אילן – יו"ר פורום המנכ"לים של ור"ה
ד״ר רפי אבירם – משנה לנשיא ומנכ"ל הטכניון – מכון טכנולוגי לישראל
מר מאיר בינג – מנכ"ל האוניברסיטה הפתוחה
מר טל בן חיים – מנכ"ל אוניברסיטת בן גוריון בנגב
פרופ' אלון וינגרטן – סגן נשיא למינהל מכון ויצמן למדע
מר שרון זייד – סגן נשיא ומנכ"ל אוניברסיטת חיפה
מר גד פרנק – מנכ"ל אוניברסיטת תל אביב
מר ישי פרנקל – סגן נשיא ומנכ"ל האוניברסיטה העברית בירושלים
עו"ד יורם שי – מנכ"ל אוניברסיטת אריאל בשומרון